硫是原油中含量豐富的元素之一。通過化石燃料燃燒在環境中釋放有害的硫氧化物（SO2）會加劇空氣污染，在世界范圍內造成嚴重的生態危害問題。燃料中存在的硫酸鹽顆粒物也會通過腐蝕降低發動機的壽命。傳統化學工藝加氫脫硫（HDS）將化石燃料中的硫轉化為污染較小的化合物硫化氫，但需要高溫高壓，投資巨大、運行成本高，同時二苯并噻吩（DBT）和4,6-二甲基二苯并噻吩（DBT）難以從石油中去除。

生物脫硫（BDS）可在溫和的加工條件下降低燃料難熔有機化合物的含硫量，具有更大的成本效益。脫硫細菌可利用DBT及其衍生物中的硫來維持其生長并獲得能量，具有“Kodama途徑"和“4S途徑"2種。Bordoloi NK等人從石油污染土壤中分離出一種新細菌螯合球菌屬，可以在多種噻吩化合物中生長，產生2-MBP而不是2-HBP作為最終產品，對細菌的毒性要小得多，同時減少環境污染，具有中溫生長條件下柴油燃料生物催化脫硫的潛在應用，并降低BDS過程中能耗。

重質原油的真空渣油餾分是油的粘度大的主要原因。而烷基硫化物橋中C-S鍵的特異性微生物裂解，在該部分中形成鍵，可能導致粘度急劇降低。從油污染環境中分離出一種獨特的細菌菌株，紅球菌屬菌株JVH1，它使用雙-（3-五氟苯基丙基）-硫化物（PFPS）作為的硫源氧化為亞砜，然后在裂解C-S鍵之前氧化成砜，形成醇，并可能形成硫酸鹽，從中提取硫進行生長。微生物降解重質原油以降低粘度的潛力被認為在微生物增采率（MEOR）中非常有效，早期研究基于三個廣泛領域：

嗜熱孢子形成細菌可以在油藏中非常不好的條件下繁殖，因此它們是適合提高稠油采收率研究的微生物。通過微生物這種極低的運行成本技術的方法，可以在占世界石油總儲量67%的油藏中提取高達50%的殘余油。此外，其他的微生物系統也被廣泛研究用于實驗室和采油現場測試。

烯烴加氫是石油精煉中的一個重要過程，但也存在催化劑中毒、大量傳輸限制、發熱以及與氫氣、儲存和催化劑等相關的各種障礙。由于這些原因，使用工程微生物在體內進行烯烴加氫已成為能夠克服這些障礙的潛在替代方案，此外，隨著合成生物學工具和高通量篩選（HTS）技術變得更加經濟實惠和容易獲得，大腸桿菌或釀酒酵母等微生物越來越多地被用于在工業規模上生物合成具有重要商業意義的氫化烯烴的酶，包括老黃酶、烯酮還原酶和脂肪酸烯酰還原酶。

在耐熱嗜酸古生菌中分離出的香葉基香葉酰還原酶（GGR），可以不對稱地還原2,3-二-O-香葉基香葉酰甘油磷酸鹽中的所有八個異戊二烯基單元，GGR也可以減少由于甲羥戊酸或DXP途徑合成的多種基于C15-C20異戊二烯的中間體，GGR在約55℃時表現出最佳活性，因此需要進行大量的酶工程來改善其性能，使其用于大腸桿菌或釀酒酵母等工程微生物菌株以生產各種飽和聚異戊二烯化合物。通過開發新的篩選工作流程，用來確定與工程化GGR蛋白庫相關的酶活性和產物形成譜。通過使用Biomek FX液體處理工作站搭配PhyNexus Ni-IMAC tips（20 μL resin bed）對過濾后的細胞裂解液中的GGR進行純化，隨后使用Biomek FX從WebSeal Plate + 96孔玻璃包被孔板中轉移酶反應液至384孔板中進行液相萃取。

在檢測步驟，使用Echo將環氧化反應產物“打印"涂覆在薄層二氧化硅上，根據環氧化程度進行色譜分離，并與發色團共價連接，從而可以檢測具有獨特產物分布或增強還原酶活性的酶變體。經過GC-MS驗證，這種基于薄層色譜的篩選可以區分選定突變體酶活性的四倍差異。相比于LC/GC-MS復雜的工作流程和分析時間，使用Echo納升級聲波移液系統和薄層色譜搭建的自動化96孔篩選平臺極大地提高了檢測速度，使并行多個樣品檢測即時可視化，讀值結果更可靠，成為一種高效的篩選流程。

石油中的碳氫化合物成分在活組織中持久、生物積累和生物放大，并對人類健康和生態系統產生有害影響。使用細菌等微生物進行生物增強是一種新興方法，可以減輕環境來源的毒素。降解碳氫化合物的細菌、藻類、酵母和真菌在海洋、淡水和土壤生態系統中含量豐富。通過連續稀釋法，Hussain N等人從受污染加油站土壤中分離石油降解菌蠟樣芽孢桿菌，培養72小時時生物量最大，并可去除75%石油，并通過生化表征，確定了該菌存在甲烷、甲基環己烷、甲苯、二甲苯和苯降解途徑。相對于傳統對總石油烴采取的緩解措施如浮選、超聲處理、焚燒、動電修復、微波頻率加熱、熱解吸，以及合成洗滌劑/表面活性劑、土壤沖洗技術和光催化去除組成的物理化學方法，這一生物修復技術更加經濟高效環保。

早在2010年，使用大腸桿菌作為生產生物體，葡萄糖作為碳源，從發酵罐的廢氣中回收異戊二烯并合成橡膠，實現生產生物異戊二烯。與異戊二烯形成聚合物用于生產丁基橡膠的是異丁烯（2-甲級丙烯），后者是許多化學品的關鍵前體，也可作為燃料，目前通過石化裂解原油大規模生產，但同樣在2010年Global Bioenergies公司為其生物基異丁烯發酵生產研究申請了，由于異丁烯在發酵條件下是一種氣態化合物，因此很容易從生物反應器中回收，與使用化石原料相比，可再生生物基生產為化學品和燃料的可持續生產提供了有趣的替代方案。

生物異丁烯的形成被證明是由異戊酸脫羧、3-羥基異戊酸酯的脫水和異丁醇脫水催化反應轉化形成，負責酶是微粒體細胞色素P450、甲羥戊酸二磷酸脫羧酶MDD和油酸水合酶等。在細胞色素P450作為NADPH還原酶產生異丁烯的菌株篩選測試時，Fukuda等人從80屬的178個測試菌株中總共篩選出33種真菌、31種酵母和6種細菌在有氧條件下產生了微量異丁烯。MDD是一種參與麥角甾醇或低等異戊二烯生物合成的酶，雖然MDD家族存在于多種微生物種，但這些微生物都不會自然產生異丁烯，通過合成方法Bobik等人設計了一種合成方法，將MDD脫羧活性表達到大腸桿菌底盤細胞，通過3-羥基異戊酸鹽誘導異丁烯生物合成。異丁醇脫水轉化通常使用酸、氧化鋁、二氧化硅催化劑和金屬鹽等在大于100℃下完成，但從假單胞菌屬的腦膜敗血伊麗莎白金菌中純化出的油酸水合酶克隆并表達在大腸桿菌中，可對上述催化反應進行生物基生產替代。分子生物學工具和遺傳可及性的可用性對于促進菌株開發計劃的快速進展至關重要，同時，為了實現菌株高通量構建和篩選、發酵條件的優化，高通量平臺的搭建也至關重要。

塑料是石化產品制成的聚合物，為現代社會帶來方便的同時，塑料垃圾及塑料污染也極大影響人們的生活。全球每年生產約3.8億噸塑料垃圾，由于其低自然降解特性，目前處理方式有填埋、焚燒，這將會造成地下水、土壤和空氣污染。通過研究發現，昆蟲幼蟲可以在短時間內消化和降解塑料，采用一種基于氧化還原指標2,6-二氯苯吩多苯酚的新篩選方法，從昆蟲幼蟲中分離出一種聚乙烯降解細菌——Acinetobacter guillouiae。

塑料的烷烴主鏈結構可被烷烴單加氧酶羥基化生成醇，醇經醇脫氫酶轉化為醛，該醛經醛脫氫酶轉化為脂肪酸，然后脂肪酸通過脂質代謝途徑降解，蛋白質組學研究表明，當塑料是可用的碳源時，參與烷烴和脂質代謝的酶的表達水平在微生物中會上調。烷烴羥基化和醇脫氫是聚乙烯降解的關鍵步驟。除此之外，綠銅假單胞菌也是是一種有效的PE降解微生物，可降解如PVC、聚氨酯和聚3-羥基丁酸酯。

常見的一種熱性塑料對苯二甲酸乙二醇酯PET所生產的豐富的日常產品中80%以上都是一次性使用，而全球每年2500百萬噸每年的PET產品消費量也導致了塑料廢物危機。發展新可持續 生物基方法將廢碳增值成工業小分子是一種優雅的經濟的創建循環化學品方法。通過化學和解聚的生物學方法進行生物升級再造技術，將生活和工業PET中的對苯二甲酸酯廢棄物使用大腸桿菌底盤微生物生物轉化為工業化學品和尼龍前體己二酸（AA）正在成為可能，同時，由于AA每年的消耗約為260萬噸，且多用于材料、藥品香水和化妝品行業，因此從可再生原料中生物生產AA方案十分有吸引力。

通過以上內容我們不難發現，微生物在石油化工的各個方面都正在扮演重要角色，極大影響石油化工生產等多方面的效率，同時，也為改善由于泄露等導致的污染問題提供了及其重要的治理角色。

我們不妨可以發散一下思維，在微生物以及合成生物學快速發展的當今，高通量篩選的自動化即將加速微生物在石油化工領域的應用與創新。從生物原件處理、基因編輯菌株構建系統、蛋白表達純化及表征系統、質譜前處理及代謝產物檢測系統和菌種發酵條件優化系統全流程，貝克曼庫爾特生命科學具有成熟的經驗和落地案例，可幫助加速石油化工菌株篩選、生物轉化和生物基生產等過程。